Die Mittelschule Kaltern hat eine lange Geschichte, die bis in das Jahr 1960 zurückreicht.

Über 30 Jahre lang prägte Frau Dr. Martha Ambach als Direktorin die Mittelschule Kaltern. Dabei hatte sie eine Vielzahl an Herausforderungen zu bewältigen, darunter der anfängliche Platz- und Personalmangel, aber auch die Probleme und Anforderungen durch die Veränderungen der Schule und der Gesellschaft.

Unter ihrer Führung wurde im Jahr 1981 ein neues Schulgebäude gebaut, das seitdem als Mittelschule genutzt wird. Namensgeber ist Pater Anton Sepp von Seppenburg, ein Jesuitenmissionar, der von 1655 bis 1733 in Südamerika tätig war. Pater Anton Sepp war nicht nur Seelsorger, sondern auch Lehrer, Musiker und Entwicklungshelfer. Er war ein Vorbild in vielen Bereichen und wird als einer der größten Söhne Kalterns betrachtet.

Im Jahr 2021 begann der Umbau der Mittelschule und seit dem Schuljahr 2022/23 wird das erneuerte Schulgebäude genutzt.

Die Schule hat derzeit 198 Schüler, die von 31 Lehrpersonen in vier Zügen bzw. derzeit elf Klassen unterrichtet werden. Die Schule wird von Frau Dr. Pertoll Barbara geführt und die aktuelle Schulleiterin ist Frau Dr. Florian Karla.